日照海事局设置机关10个机关部门，3个局属海事处，2个办事机构，1个事业单位。
机关部门：指挥中心（VTS中心）、船舶监督处、危管防污处、船员管理处、执法督察处、办公室、党群工作部、财务会计处、人事教育处、装备信息处。
局属海事处：岚山海事处、东港海事处、奎山海事处。
办事机构：海巡执法支队、政务中心。
事业单位：后勤管理中心。
机构设置图
