董家口海事局设置三个职能部门、三个业务执行部门、三个海巡执法大队。
三个职能部门：综合办公室、综合业务处、指挥中心；
三个业务执行部门：政务中心、船舶安全检查中心、船舶交通管理中心；
三个海巡执法大队：琅琊湾海巡执法大队、棋子湾海巡执法大队、斋堂岛海巡执法大队。
机构设置如下图：
