潍坊海事局设置综合办公室、综合业务处（搜救中心办公室）、政务中心3个内设处室，均为正科级。
设置港区海事处，为副处级派出机构，内设综合办公室、东港海巡执法大队和西港海巡执法大队3 个内设机构，均为正科级。
设置寿光海事处，为正科级派出机构，同时设置寿光海巡执法大队与寿光海事处实行处队合一。
