烟台海事局设置办公室、法规规范处（执法督察处）、综合计划处（基建装备处）、财务会计处、人事教育处、指挥中心（搜救中心办公室）、通航管理处、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、安全管理处、科技信息处、党组工作部（组织处）、宣传处、纪检办公室（审计处）、直属机关党委办公室（工会办公室）等１６个机关内设机构；设置政务中心、船员考试中心、船舶交通管理中心、烟台溢油应急技术中心等４个处室办事机构；下设中华人民共和国烟台芝罘海事处、烟台蓬莱海事处、烟台龙口海事处、烟台莱州海事处等４个正处级派出机构，烟台八角海事处1个副处级派出机构，烟台长岛海事处、烟台海阳海事处、烟台牟平海事处等３个科级派出机构；设置后勤管理中心１个事业单位。