济南海事局设置六个部门，一个事业单位。
六个部门：办公室（人事教育处）、财务会计处、党组工作部（纪检办公室）、指挥中心（搜救中心办公室）、船员管理处（通航管理处）、船舶监督处（危管防污处）。
一个事业单位：后勤管理中心。
